Un nuevo intento en el año 1.942 sí tiene éxito y se reorganiza la Hermandad, trasladándose a la Capilla del Dulce Nombre de Jesús. Especialmente destacable fue la labor del canónigo y capellán real D. José Sebastián y Bandarán, donante que fue de la reliquia del Santo Lignum Crucis que posee nuestra Hermandad, por su ayuda a la misma en los años de su reorganización. Esta reorganización la consigue renovando la nómina de Hermanos y todos sus enseres a excepción de la Imagen del Stmo. Cristo y el Archivo Histórico, por cuanto la primitiva Imagen de la Virgen se da por desaparecida y se desconoce entonces el paradero de los demás enseres. En este mismo año se encarga al imaginero D. Antonio Illanes una nueva Imagen de la Virgen de las Tristezas, que procesiona bajo palio desde 1.957.
La Hermandad de la Santísima Vera Cruz vuelve a procesionar el Lunes Santo de 1944 con la Imagen del Santísimo Cristo de la Vera Cruz. La Santísima Virgen de las Tristezas procesionaría por primera vez desde la reorganización bajo palio en 1957.
En 1.948 celebra la Hermandad, con toda solemnidad y diversos actos, el V Centenario de su Fundación, y el 25 de agosto de 1.965 adquiere nueva Carta de Hermandad con la Orden Franciscana.
Mas, no libre aún de vicisitudes, en 1.970 se declara en ruina la Capilla del Dulce Nombre de Jesús y tiene que trasladarse al Convento de Santa Rosalía, donde permanece hasta 1.975.
Vuelta de nuevo a su Capilla y enriquecida con la vinculación a las Madres Capuchinas, que tantos frutos espirituales nos proporcionan, la Hermandad restaura en 1977 la Imagen del Stmo. Cristo, así como el altar mayor con las pinturas del presbiterio, restauraciones que dirige el profesor Arquillo Torres.
Desde su reorganización en 1.942, la Hermandad ha pretendido, olvidándose de anteriores posesiones de bienes materiales y abrazando el espíritu de pobreza y humildad, retomar su antiguo espíritu caritativo y profunda espiritualidad que en otros tiempos le mereció ser tomada como ejemplo para otras muchas Cofradías. Así le ha sido reconocido por el público en general y así lo ven las múltiples Hermandades de la Vera Cruz de tantos lugares que, formando una Confraternidad entre todas ellas, testimonian su origen común haciendo Estación de Penitencia cada Lunes Santo, con su representación, en nuestra Cofradía.
El año de 1.992 fue de una especial relevancia en la historia de la Hermandad. La Confraternidad de Hermandades de la Vera Cruz, que desde su constitución ha tenido su sede en nuestra Hermandad, celebró el I Congreso Mundial de Hermandades de la VERA CRUZ, de especial resonancia en todo el mundo cofrade. Por este motivo se custodió con gran honra en la Capilla de la Hermandad, durante la madrugada del día 22 de marzo y en permanente vela, la Reliquia del Santo Lignum Crucis del Monasterio de Santo Toribio de Liébana, depositado por S.E. el Obispo de Cantabria, que celebró solemne Eucaristía en aquella tarde.
También en este mismo año de 1.992 se terminó y bendijo, en el mes de marzo, la Casa Hermandad; y se conmemoró en noviembre el L Aniversario del traslado de la Hermandad a la Capilla del Dulce Nombre de Jesús, y en diciembre el de la bendición de la Imagen de María Stma. de las Tristezas.
Más recientemente, desde mayo de 1.998 hasta mayo de 1.999, nuestra Hermandad ha conmemorado con distintos actos y celebraciones el DL Aniversario de su Fundación, resaltando entre ellos la organización en septiembre de 1.998, como anfitrión, de la Peregrinación de Hermandades de la Veracruz. Su Majestad el Rey Juan Carlos I presidió el Comité de Honor de los actos con que celebró nuestra Hermandad sus quinientos cincuenta años de existencia.
Con la llegada del Nuevo Milenio la Hermandad se traslada de nuevo por obras al Convento de Santa Rosalía, regentado por las Hermanas Capuchinas, lugar donde efectúa su salida procesional el Lunes Santo durante los años 2006 y 2007. En 2008 la Hermandad regresa a la Capilla del Dulce Nombre de Jesús, habiéndose rehabilitado durante ese tiempo los Baños de la Reina Mora.
En este último período la Hermandad afronta el nuevo siglo con espíritu e ilusión renovados, dedicando parte de su esfuerzo a la creación de nuevas actividades formativas, tales como el primer Curso de Introducción a la Liturgia para Jóvenes Acólitos o la veneración perpetua al Santísimo Sacramento en la antigua Capilla de San Onofre, volviendo así, de alguna manera, a sus orígenes en el Convento de San Francisco.