1. Invasión de los franceses y sus consecuencias.
Poco después, en 1.810, los ejércitos invasores franceses se apoderan del Convento de San Francisco y de la Capilla de la Vera Cruz, teniendo la Hermandad que salvar apresuradamente sus Imágenes y cuadros por cuanto un pavoroso incendio destruyó todo el recinto. Dos años más tarde, terminada la guerra, los franciscanos vuelven al convento y con ellos la Cofradía de la Vera Cruz, que en esta ocasión tiene que instalarse en otra Capilla, conocida como la de la Concepción de los Burgaleses, donde prosigue sus cultos. Hay constancia de que en 1.832 vuelve a salir la Cofradía, estrenando un nuevo Paso del Stmo. Cristo y un segundo con María Stma. de las Tristezas. Mas, restaurada e inaugurada su Capilla propia el 3 de mayo de 1.840, nuevamente han de abandonarla de forma apresurada por cuanto en el mes de septiembre el nuevo Ayuntamiento, surgido de la Revolución de aquel año, obliga a la comunidad franciscana, y con ella a la Cofradía, a abandonar el convento para ser demolido y urbanizar en su lugar lo que hoy constituye la Plaza Nueva y sus aledaños.
2. Traslados de la Hermandad y ocaso.
En estas salidas obligadas del Convento de San Francisco, la Hermandad se habría refugiado en la iglesia de San Alberto, donde sufre paulatinamente un cada vez mayor decaimiento. En 1.853 un grupo de Hermanos deciden revitalizarla y reanudar sus salidas procesionales, trasladándose al Convento de las Religiosas de Pasión, en la calle Sierpes. Por diversos problemas esta salida no llegó a efectuarse en Semana Santa, pero sí en el segundo día de Pascua de Resurrección. Ya en el Convento de Pasión la Hermandad sigue celebrando sus cultos, pero no llega a efectuar ninguna salida procesional, teniendo que abandonar esta nueva sede y volver a San Alberto en 1.868 por incautación del convento por parte del Ayuntamiento. En 1.870 y en 1.924 hay nuevos intentos de revitalizar la Hermandad y reanudar su estación de penitencia, pero ninguno de ellos consigue contrarrestar plenamente el daño que ha infligido a la Hermandad la acumulación de desgracias y perjuicios continuados durante más de un siglo.