1. Concesiones de Bulas y otros Privilegios.
El 28 de mayo de 1.543, el Superior General de la Orden Franciscana, Fray Juan Calvo, extiende desde Logroño una cédula a favor de todos los cofrades de la Vera Cruz por la que se hacen partícipes de todos los bienes espirituales y méritos que la Orden ganase por sus buenas obras. En años sucesivos, los Papas Pío IV y Gregorio XIII conceden nuevos beneficios, gracias e indulgencias a nuestra Cofradía, lo que hace que, junto con la fama y admiración que despiertan sus cultos y sus numerosas obras caritativas, y el ser una de las más ricas y antiguas de la ciudad, la conviertan en la primera de ellas y en modelo de imitación de cuantas cofradías no dejan de fundarse por toda la región.En 1.562, mereciendo la Hermandad la admiración, estima y devoción del Rey Felipe II, lo acoge entre sus Hermanos, disfrutando con ello de su protección real. Ante tal cúmulo de gracias y prerrogativas disfrutadas por la Hermandad, numerosas personas ilustres y principales ingresan en ella, alcanzando tal volumen e importancia el caudal dedicado a sus obras asistenciales que los Oficiales de su Junta resultan insuficientes para su gobierno y es necesario crear una Comisión de Hacienda, aprobándose en 1.565 unas reglas separadas para regular la administración de sus bienes y los cargos de administradores y tesoreros.
2. Traslación de la Virgen de los Reyes y Cuerpo de San Fernando.
En 1579, terminada la Capilla Real, se llevó a cabo el traslado de Nuestra Señora de los Reyes y los restos del rey San Fernando que, hasta entonces, se encontraban en la Capilla Antigua. Para tan significativo acto, la ciudad se unió con una gran procesión, en la que precedían las cofradías existentes. Ocupando los últimos lugares iban las más antiguas, la Vera Cruz hacía el número veintiséis y llevaba el estandarte verde y la cruz colorada.
3. Organización de la cofradías existentes en la ciudad.
A comienzos del siglo XVII eran tantas las cofradías que salían, aunque muchas de ellas con escasas posibilidades, y tales los desórdenes que ello causaba en cuanto a la prelación en el paso por las calles, que se decreta la reducción y fusión de muchas de ellas. No obstante, la de la Vera Cruz, por ser tan principal, no se ve afectada por ello.
4. Sínodo del Cardenal Niño de Guevara y Privilegio del Convento.
En 1604 se celebró un Sínodo por el Cardenal D. Fernando Niño de Guevara. En él se señalaron las horas para las procesiones de disciplina, teniendo que realizarse todas de día, exceptuando la Cofradía de la Vera Cruz, que permaneció con su misma hora gracias a las bulas y privilegios concedidos por diferentes Pontífices. Era privilegiada, además, en el propio Convento de San Francisco, cuyo Provincial, el Padre Benítez, le concedió una Patente el 27 de Noviembre de 1628, por la cual era la única Cofradía de Sangre admitida en dicho Convento.
5. Estación de Penitencia a comienzos del siglo XVII.
Para la procesión del Jueves Santo, según queda dispuesto en el Capítulo X de las Reglas, todos los hermanos estaban obligados a presentarse en dicho día a las cinco de la tarde, confesados y comulgados. Los hermanos de sangre vestían con camisa larga de anjeo ceñida a la cintura con el cordón franciscano y no debían faltarles ni capirotes romos ni las disciplinas. Los hermanos de luz iban con sus túnicas negras y las hachas. Todos debían llevar los escudos de guadamecí con la insignia de la Santa Vera Cruz y hacer la estación preferentemente descalzos, y con alpargartas los que no pudieran. Salían de la Capilla a las 11 de la noche y el orden que llevaban era el siguiente: «primeramente dos muñidores con sus ropas, insignias de la cofradía, cada uno con su campanilla. Ittem la manguilla con doce sirios delante que los llevan doce muchachos del Sagrario y de la Doctrina, vestidos con ropas que tienen para ellos la dicha cofradía. Ittem el estandarte con treinta hachas delante. Ittem la cruz de madera llevada por un religioso con cuarenta hachas delante. Ittem toda la disciplina con las hachas interpoladas. Ittem el Santo Cristo que lleva jun religioso con cincuenta hachas delante. Ittem la religión de San Francisco. Ittem la cruz de la Parroquia y dos ciriales que son llevados por tres mozos de coro con sus sobrepellizas. Ittem la imagen de Nuestra Señora con la cera que quedase delante. Ittem tres capas que los llevan el presidente y dos acompañados y mas diez acompañados con sus sobrepellices delante, todos son trece sacerdotes. Ittem el señor asistente con sus ministros, vuestra justicia si viniere». Ya formados y habiendo visitado la primera estación, el Sagrario del Convento de San Francisco, salían con dirección a la Catedral, Divino Salvador, Santa María Magdalena y Convento de San Pablo. Iban sin música, tan sólo acompañados por cuatro trompetas tañendo dolor, como manda su Regla. Se recogían en el Convento en la madrugada del Viernes Santo, para poder ganar las gracias de ambos días.
6. Nombramiento de los Diputados Perpetuos y ampliación de la Capilla.
En 1.631 se nombran para el Gobierno de la Hermandad cuarenta Diputados Perpetuos entre personas ricas y sobresalientes de Sevilla y, posteriormente, en 1.651 amplía su Capilla por haberse quedado pequeña para sus muchas y concurridas celebraciones. Esta ampliación consistió en la anexión de la colindante Capilla de San Pedro, propia de D. Alonso Núñez de Arroyo y sus herederos, resultando un espacio tan amplio y tan ricamente adornado que Zúñiga asegura que más que Capilla le convenía mejor el nombre de segunda Iglesia, por su capacidad y hermosura. Esta nueva Capilla tenía en su interior varias capillas o altares, decorados con pinturas de Herrera el Viejo, Pacheco y Murillo, existiendo constancia documental de que este insigne pintor era Hermano de la Cofradía. Además, la Capilla propia de la Vera Cruz se complementaba con Sala de Cabildos, Sacristía, Casa-habitación del Capillé, almacén para los Pasos, fábrica de velas, oficina de secretaría y hasta un bonito jardín.
7. Contratiempo con los Franciscanos.
El día 3 de mayo de 1680, el Padre Guardián quiso cambiar el orden la de la procesión de la Santa Cruz, quitándole la prioridad a la Hermandad, celebrándose la Función en la Iglesia del Convento y no en la Capilla, que era para lo que se dedicaba la Fiesta y en la que se ganaban los Jubileos. Ante esto, los diputados decidieron cerrar la Capilla y seguir la vida de hermandad fuera del convento, celebrando los cultos en la antigua Iglesia de Santa Cruz, hasta que no se arreglase la situación. Se nombró una comisión de hermanos que contactó con el Padre General de los Franciscanos y éste la dio la razón a la Hermandad, volviendo a su Capilla el 11 de julio de 1691, celebrando una fiesta con gran solemnidad y procesión con las doncellas dotadas.
8. Estación de Penitencia en el siglo XVIII.
A raíz del contratiempo con los Franciscanos, se dejó de hacer la Estación de Penitencia, no volviéndola a reanudar hasta el año de 1714, construyendo para la ocasión los pasos y enseres nuevos, realizándola con regularidad hasta el año 1810, en que los franceses invadieron Sevilla.
9. Reforma de las Sagradas Reglas de 1804.
Siguiendo lo ordenado por el Consejo de Castilla, por el que todas las Hermandades habían de tener la aprobación de éste, conforme a una nueva normativa dictada por el mismo, la Hermandad tuvo que hacer unas modificaciones u ordenanzas a las Sagradas Reglas, aprobándose en 1804 por este Consejo. Estas ordenanzas constan de de seis capítulos, con el siguiente tratado: del recibimiento de los hermanos, de los oficios, de las elecciones, de los cabildos, de las obligaciones de la Hermandad y de las claverías.